Информация » Новейшие генные структуры и их анализ » Поиск и картирование элементов геномных последовательностей

Поиск и картирование элементов геномных последовательностей

Нами разработан экспериментальный метод селекции, идентификации и картирования потенциальных энхансерных элементов внутри длинных геномных последовательностей. Предложенный метод позволяет проводить одновременный поиск всех элементов, проявляющих энхансерную активность, среди множества коротких фрагментов ДНК, перекрывающих исследуемую область генома.

Используемый в работе подход основан на способности энхансеров активировать промотор репортерного гена. Набор коротких фрагментов ДНК, полученных расщеплением участка длинной 1 млн. п.н. хромосомы 19 человека, был клонирован в специально сконструированный нами самоинактивирующийся ретровирусный вектор, содержащий репортерный ген неомицин-фосфотрансферазы II под контролем минимального промотора цитомегаловируса.

В дальнейшем был получен пул ретровирусных частиц, которыми инфицировали клетки линии HeLa, после чего, были отобраны неомицин-устойчивые клоны, содержащие интегрированные в геном конструкции с фрагментами ДНК, обладающими активностью энхансеров. ДНК неомицин-устойчивых клонов использовали для амплификации соответствующих фрагментов, которые затем клонировали в плазмидный вектор. Таким образом, была получена библиотека потенциальных энхансеров. Клоны библиотеки секвенировали и была построена карта расположения энхансеров в интересующем нас локусе хромосомы 19 человека. Анализ библиотеки выявил 15 энхансер-подобных последовательностей в полигенном локусе хромосомы 19 человека длинной 1 млн. п.н., энхансерная активность 13 из них была подтверждена в экспериментах по транзиентным трансфекциям с помощью системы двойной люциферазной детекции. Найденные последовательности преимущественно расположены в 5′ прилегающих к генам областях либо внутри интронов.


Похожие материалы:

Общие сведения
Если вы увидите растение в прозрачном горшке, с торчащими в разные стороны серо-зелеными корнями, без стебля, с розеткой плотных листьев и цветами, похожими на бабочку, знайте – перед вами фаленопсис. Прежде всего, фаленопсис – не обычно ...

Семейство СЛЕПЫШОВЫЕ (Spalacidae)
Это своеобразные, узкоприспособленные к подземному образу жизни грызуны. Они совсем слепые. На месте, где бывают глаза, у них образовалась толстая складка кожи, густо покрытая жесткими, щетиновидными волосами. Хвост и ушные раковины недор ...

Морфологические особенности
Наиболее заметная часть цветка - губа, имеющая форму мешочка или передней части туфли. Губа обычно играет роль посадочной платформы для насекомого-опылителя. Верхний («дорсальный») сепалий, стоящий прямо над губой, часто широкий и ярко ок ...